Prezidentka argumentuje, že terajšie znenie paragrafu a právomoci, ktorými na jeho základe disponuje generálny prokurátor, zasahujú neprimerane do nezávislosti súdnej moci. Jej návrh na začatie konania o súlade s ústavou sa týka ustanovení paragrafov 363 až 367 Trestného poriadku. ÚS ho prijal v celom rozsahu.
Nezávislosť súdnej moci je podľa Čaputovej potrebné strážiť. "O to viac v mladej demokracii, akou je Slovensko. Zákonné dôvody relativizácie rozhodovacej činnosti súdov preto musia byť reštriktívne, jasné a vyvážené. V prípade terajšieho znenia paragrafu 363 takáto proporcionalita chýba," zdôraznila.
Paragraf 363 sa tak skoro meniť nebude. Generálnemu prokurátorovi vraj treba oklieštiť právomoci

Poukázala na to, že rozhodnutie generálneho prokurátora podľa paragrafu 363 Trestného poriadku nie je preskúmateľné a toto ustanovenie neprimerane a nedôvodne preferuje nepreskúmateľný právny názor jednej osoby v reťazci oprávnených orgánov, teda súdov.